Parcours

Formation, expériences et compétences

Formation, expériences de recherche et cliniques, et compétences de Valentin Goupille, biologiste et data scientist en santé.

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Projet en cours

NoteÉtudes de médecine — procédure Passerelle

Objectif : septembre 2027 · Faculté de médecine de Rennes

Candidature pour entrer directement en 2^e ou 3^e année de médecine, avec un objectif à long terme : relier pratique clinique et recherche.

Expériences

Depuis août 2025

Préparation à la médecine & data science en santé

Indépendant

Une période choisie pour construire mon projet de médecine (programme, stages d’observation, candidature) et mener en parallèle mon principal projet en données de santé : une base de connaissances médicale, conçue de bout en bout.

Avril 2026 · Santé

Stages d’observation clinique

CHU de Rennes & Clinique de l’Anjou, Angers

• Génétique médicale (2 semaines), CHU de Rennes, auprès du Dr Hakim Bouazzaoui (laboratoire de génétique moléculaire et somatique) : consultations, réunions pluridisciplinaires sur les maladies rares, pipelines bio-informatiques en génomique médicale.
• Chirurgie oncologique (2 jours), Clinique de l’Anjou, auprès du Dr Nicolas Paillocher (chirurgien oncologue) : consultations d’oncologie et chirurgie du cancer du sein au bloc opératoire.

Févr. – juil. 2025

Stage de M2 — Bio-informatique & écologie microbienne

UMR 6553 ECOBIO, Rennes

Pipeline complet, des lectures brutes à l’interprétation biologique, pour étudier la division du travail au sein de populations bactériennes génétiquement identiques (Pseudomonas brassicacearum, projet ANR DivIDE) : technologie microSPLiT, 18 échantillons, alignement STARsolo sur cluster, contrôle qualité, clustering et analyse de l’expression des gènes liés au fer, aux toxines et aux antimicrobiens.

Projection UMAP des cellules : deux groupes se distinguent, l’un réunissant les cellules sous stress aux temps T2’ et T3’, l’autre les cellules sans stress et en début de stress (T1).

Mémoire (PDF, en anglais) Diapositives de soutenance (PDF)

STARsolo Slurm / HPC Nextflow Python Scanpy R Docker

Janv. – juin 2024

Stage de M2 — Phénotypage et compromis croissance-défense

UMR 1345 IRHS, Angers

Étudier le compromis entre croissance et défense chez le pommier : acquisition d’images par un robot de phénotypage, suivi de la croissance en séries temporelles, mesure de la résistance au feu bactérien (Erwinia amylovora) et modélisation statistique de leurs relations.

Le robot de phénotypage de l’IRHS, qui photographie automatiquement les jeunes pommiers.

Imagerie robotisée ImageJ R Séries temporelles Statistiques

Mai – juil. 2023

Stage de M1 — Interactions hôte-pathogène

UMR 1345 IRHS, Angers

Phénotypage de la résistance d’Arabidopsis thaliana à Alternaria brassicicola chez des mutants de phytocytokines, projet ANR STRESS-PEPT.

Plantules d’Arabidopsis thaliana observées en fluorescence au macroscope.

2015 – 2016 · Santé

Premiers contacts avec le soin

Château-Gontier

Observation en cabinet d’orthodontie (3 jours), immersion dans une caserne de sapeurs-pompiers (3 jours) et formation aux premiers secours (PSC1).

Formation

2024 – 2025

Master Bio-informatique — Informatique pour la biologie et la santé

Université de Rennes

Analyse et visualisation de données omiques massives, statistiques, machine learning, bonnes pratiques de code (principes FAIR).

2022 – 2024

Master Biologie végétale — Interactions hôte-pathogène & microbiote

Faculté des sciences d’Angers

Les relations entre les plantes et les microorganismes, pathogènes comme bénéfiques : immunité végétale, microbiote, génétique et génomique.

2019 – 2022

Licence Sciences de la vie — Biologie végétale

Faculté des sciences d’Angers

Biologie cellulaire et moléculaire, microbiologie, mycologie, physiologie végétale.

2016 – 2019

Baccalauréat S — spécialité SVT, section européenne

Lycée Victor Hugo, Château-Gontier-sur-Mayenne

Compétences

Biologie & médecine

Connaissances médicales (programme de l’EDN) Observation clinique Premiers secours (PSC1) Génétique & génomique Immunologie Biologie moléculaire Pathologie végétale Microscopie Phénotypage haut débit Laboratoire L2

Analyse de données & bio-informatique

Python R Bash pandas SQL DuckDB ggplot2 matplotlib Jupyter marimo scRNA-seq Scanpy Seurat Bioconductor STARsolo Nextflow nf-core HPC · Slurm NGS NetworkX igraph Reactome Analyse d’images

Machine learning & IA

scikit-learn PyTorch YOLOv8 (Ultralytics) OpenCV Hugging Face Ollama LangChain DSPy API Claude · OpenAI · Gemini · DeepSeek RAG MCP Claude Code · Codex · OpenCode Skills d’agents

Ingénierie & publication

PostgreSQL Neo4j SQLAlchemy Pydantic Dagster Scraping API REST Playwright Docker GitHub Actions Git Conda · pixi · uv · renv Quarto Typst LaTeX Remotion Manim three.js

Langages explorés en plus : Swift, Rust, C, JavaScript.

En dehors du travail

• Sport : course à pied et musculation ; 14 ans de judo en compétition (ceinture noire).
• Nature : jardinage et culture des plantes.
• Engagement : secrétaire d’une Junior Association (2016 – 2019).