Projets

Les projets que j’ai menés de ma propre initiative ; mes stages de recherche sont présentés dans mon parcours. Le code de la plupart d’entre eux est privé ; je le présente volontiers sur demande.

2 509 contributions et 154 jours actifs sur GitHub ces 12 derniers mois (dépôts privés inclus · mis à jour le 14 nov. 2026)

Projet principal

Projet personnel · depuis 2025

Une base de connaissances médicale sourcée

Les référentiels de 6^e année de médecine (EDN et ECOS) sont dispersés, inégaux, et découpés par item puis par objectif : pratique pour l’examen, peu adapté pour apprendre, alors qu’un médecin raisonne à partir de situations cliniques.

Ma base relie les trois entrées du programme (les items, les situations de départ des ECOS et les attendus d’apprentissage) pour réviser en partant de la clinique. Chaque passage reste rattaché à sa source exacte, que la recherche, l’assistant et le livre généré citent précisément.

Ce projet m’a fait pratiquer toute la chaîne de la donnée :

• collecter : extraction automatisée (scraping) des référentiels via l’API MediaWiki ;
• nettoyer et structurer : analyse du wikitext brut, normalisation, modèles de données validés, base PostgreSQL ;
• exploiter : recherche, assistant de questions-réponses (RAG), livre rendu avec Quarto en HTML et en PDF, et annales d’entraînement de nombreuses facultés rassemblées pour s’auto-évaluer et suivre sa progression ;
• travailler avec des agents : fiches rédigées par Claude et Codex puis relues comme du code, skills, et un serveur MCP qui donne aux agents des outils pour interroger la base et consulter des sources médicales officielles (API de la HAS, de l’OMS…).

Le projet a beaucoup évolué au fil de l’année. Côté données : graphe Neo4j, puis orchestration Dagster, puis la version actuelle sous PostgreSQL. Côté interface, j’ai testé un site dynamique en htmx et une application Shiny, avant de conclure que l’interface comptait peu : un site statique Quarto suffit, et ses liens entre fiches en font déjà un graphe navigable. Les fiches en fichiers texte (.qmd) sont faciles à relire pour moi et à modifier pour les agents.

À quoi ça me sert. Ce travail m’a obligé à comprendre en détail ce que les études de médecine attendent, et il m’aide chaque jour à mieux organiser mes révisions. À terme, la base doit alimenter un système de répétition espacée (algorithme FSRS) et un tuteur IA, pour revoir chaque notion au moment où on est en train de l’oublier.

Python Scraping API MediaWiki Nettoyage de données API santé (HAS, OMS) PostgreSQL SQLAlchemy Pydantic RAG MCP Claude Codex Neo4j Dagster htmx Shiny Quarto Typst

Vulgarisation

Essais · 2026

Le vivant en animation

Des essais pour montrer les mécanismes du vivant plutôt que les décrire : animations programmées image par image, scènes 3D dans le navigateur, figures interactives. Toutes les animations ci-dessous sont générées par du code.

Canal ionique ligand-dépendant · Remotion

Potentiel d’action neuronal · Manim

Double hélice d’ADN en 3D · Remotion

Structure macromoléculaire · Remotion

Aussi : une cellule animale modélisée en 3D avec three.js, des structures de protéines issues de la Protein Data Bank et des figures interactives dans des documents Quarto.

Remotion Manim three.js Blender Observable JS PDB

À côté

Des projets plus petits, souvent pour mon propre usage, qui m’ont servi à apprendre.

Serveur maison Un vieil iMac transformé en serveur Linux sécurisé. Debian · Docker · SSH

Podcast de révision Un prototype de quelques épisodes avec NotebookLM, puis un studio local de dialogues pédagogiques à plusieurs voix. NotebookLM · Pocket TTS · Ollama

Mes données de santé Apple Health, Basic-Fit et 155 traces GPS analysés et cartographiés, interrogeables par un agent IA via un serveur MCP ; mes séances Basic-Fit et activités Strava sont aussi synchronisées automatiquement dans mon agenda. Python · Playwright · MCP · ICS

Veille automatisée Un bot qui suit des flux RSS et les publie dans Discord. Python · GitHub Actions

Application iOS Un premier essai en Swift pour suivre mes séances de musculation. Swift · Supabase